Не успел Бэтмен передохнуть после победы над Леди Аркхем, как в Готэме объявился новый враг – Загадочник. Для его поимки в городе начинает работу секретная организация "Агентство", во главе с директором Амандой Уоллер, которая смещает комиссара полиции Джеймса Гордона и берет руководство операцией в свои руки. Бэтмену необходимо решить: сотрудничать с новой властью, предав друга, или же с помощью Гордона попытаться выследить и поймать Загадочника.