Эмили Хартвуд получает письмо от своего дяди Джереми, в котором тот рассказывает о невероятных и страшных вещах. Женщина нанимает частного детектива Эдварда Карнби и вместе они отправляются в лечебницу Дерсето, чтобы проведать Джереми и во всем разобраться, но оказывается, что Джереми пропал, а вскоре начинает твориться какая-то чертовщина.
Уолтер Томпсон просыпается от головной боли в своем доме. Приняв таблетки, мужчина отправляется искать свою жену Марту и дочь Дори, но их нигде нет. Неожиданно из комнаты дочери он переносится на дорогу к цирку братьев Нельсон, где они работают всей семьей.
Агенты ФБР Сага Андерсон и Алекс Кейси приезжают в городок Брайт Фоллс для расследования ритуального убийства, совершенного загадочным Культом Дерева. А в это время писатель Алан Уэйк пытается вырваться из Темной Обители, где находится уже 13 лет. Судьбы Алана и Саги переплетутся, ведь Уэйк вписал женщину в свое произведение и теперь она играет в этой истории важную роль.
Немец Пауль фон Шмитт вернулся домой после Первой Мировой Войны, но все еще не может забыть пережитый ужас и страдает от кошмаров. В доме он обнаруживает некролог, из которого следует, что они вместе со старшим братом погибли на фронте. Неужели мужчина на самом деле мертв, а все творящееся вокруг – его персональный ад? Это и предстоит выяснить игроку, попутно ознакомившись с печальной историей семьи фон Шмитт.
Разгар космической гонки между США и СССР. Миссия по изучению Луны провалилась, астронавтов затянуло в портал. В результате произошла "рассинхронизация времени", один из них исчез и теперь иногда передает сообщения по радиосвязи и периодически появляется на пару секунд словно видение. Его напарник продолжает путешествие в одиночестве и вскоре набредает на оказавшийся здесь каким-то невероятным образом "город", состоящий из нескольких зданий.
С момента событий первой части прошло двадцать лет, связь с Корнем разорвана, но угроза, пусть и отступила, окончательно не исчезла, из-за чего живется людям все еще непросто. Протагонист (или протагонистка) с подругой Кесс изучают окрестности и ищут Блок 13, в существование которого они сами не до конца верят. В какой-то момент на них нападают агрессивные твари – коряги, и кажется, что странникам пришел конец, но внезапно приходит спасение в лице парочки жителей искомого места, которые и провожают путников в Блок.
Доротея Линд хочет сбежать из культа "Источник Вечности", забрав с собой сына, Габриэля. Но попытавшись прервать какой-то страшный ритуал, она устраивает пожар, в огне которого мальчик исчезает вместе с Пророком культа. По официальной версии ребенок погиб с высокопоставленными членами секты, но Доротея отказывается в это верить и спустя месяц с помощью магии отправляется в потусторонний мир.
Джорджу Родсу позвонил некто, представившийся детективом Роем Миллиардом, и сообщил, что мужчина стал единственным наследником дома в деревне Сент-Родс. Звонивший просил приехать, чтобы подписать кое-какие документы, и Джордж согласился, поскольку хотел заодно осмотреть доставшееся ему от родителей имущество.
Механик Гордон Д. О'Брайен по заявке от телевещательной сети приезжает на неиспользуемую площадку закрытого телешоу My Friendly Neighborhood, чтобы отключить антенну – накануне она почему-то возобновила работу и перекрыла основную трансляцию. Но вскоре Гордон обнаруживает, что площадка не такая уж заброшенная, а ее обитатели не слишком-то и дружелюбны.
В маленьком городке Бетелвуд у Салли Кауфман пропала двоюродная сестра Эмили. Девочка хочет ее найти и повсюду развешивает объявления, но результата это не приносит, пока однажды из-за хулиганов Салли не сваливается с дороги в овраг вблизи фуникулера, соединяющего закрытую шахту и город. Незнакомец предлагает ей взять билет, чтобы зайти в кабину и поехать в Бетелвуд, но по прибытии девочка оказывается в каком-то странном безлюдном месте.